مجلس خبرگان رهبری در اولین تصمیم گیری خود باید بین دو گزینه رهبری یک فرد دارای صلاحیت و یا شورای رهبری انتخاب می کرد. آیت الله خامنه ای در این رای گیری، از موافقان رهبری شورایی بودند ولی اکثریت اعضای خبرگان با قاطعیت با رهبری شورایی مخالفت کردند؛ سه بار تعداد مخالفان رهبری شورایی شمرده شد و هر سه بار اکثریت خبرگان مخالف رهبری شورایی بودند. قانونا و شرعاً تنها راه ممکن، انتخاب یک فرد به عنوان رهبر بود.