حال، اعضای خبرگان باید تا روز رای گیری قانون اساسی جدید، مجتهدی را به صورت موقت به عنوان رهبر انتخاب می کردند؛ با توجه به نظر اکثریت اعضا و شناختی که اغلب حاضران از توانایی های آیت الله خامنه ای در دو دوره ریاست جمهوری و سوابق مدیریتی دیگر داشتند، ایشان را به عنوان گزینه موقت رهبری مطرح کردند. از طرف دیگر اجتهاد آیت الله خامنه ای هم به جهت عضویت در مجلس خبرگان و هم به جهت تایید اساتید حوزه های علمیه آن زمان و برخی از مراجع عصر حاضر که در آن زمان عضو مجلس خبرگان بودند، امری مشخص بود. علاوه بر این صلاحیت های شخصی، نقل خاطره برخی اعضا از اشاره مکرر امام به صلاحیت آقای خامنه ای برای رهبری در جلسات خصوصی نیز، در این انتخاب بی تاثیر نبود. البته چند نفر با انتخاب آیت الله خامنه ای مخالف بودند و برخی از آنها پای تریبون رفتند تا با انتخاب ایشان مخالفت کنند؛ یکی از آن مخالفان از همه سرسخت تر بود و در جلسه به شدت با انتخاب آیت الله خامنه ای مخالف کرد و آن فرد کسی نبود جز خود آیت الله خامنه ای. ایشان با انتخاب خودشان مخالفت کردند. مخالفتی که هم نشانه ای بر بزرگواری و تواضع آیت الله خامنه ای بود و هم حاکی از اینکه ایشان تمام تلاش خود را کردند تا این وظیفه بسیار دشوار که سختی های زیادی در آن است، بر عهده فرد دیگری گذاشته شود اما در نهایت با رای قاطع مجتهدان مجلس خبرگان، پذیرش این مسئولیت برای ایشان تکلیف و وظیفه شرعی شد. آقا چند روز بعد با حفظ این تواضع کم نظیر در این باره می فرمایند: «روز شنبه، قبل از تشکیل مجلس خبرگان، با تضرع و توجه و التماس، به خدای متعال عرض کردم: پروردگارا ! تو که مدبر و مقدر امور هستی، چون ممکن است به عنوان عضوی از مجموعه‌ی شورای رهبری، این مسؤولیت متوجه من شود، خواهش میکنم اگر این کار ممکن است اندکی برای دین و آخرت من زیان داشته باشد، طوری ترتیب کار را بده که چنین وضعیتی پیش نیاید. واقعاً از ته دل میخواستم که این مسؤولیت متوجه من نشود.... در مجلس خبرگان بحث هایی پیش آمد و حرفهایی زده شد که نهایتاً به این انتخاب منتهی شد. در همان مجلس، کوشش و تلاش و استدلال و بحث کردم، تا این کار انجام نگیرد؛ ولی انجام گرفت و این مرحله گذشت. من همین الان خودم را یک طلبه‌ی معمولی و بدون برجستگی و امتیازی خاص میدانم...اما حالا که این بار را روی دوش من گذاشتند، با قوّت خواهم گرفت؛ آن‌چنان که خدای متعال به پیامبرانش توصیه فرمود: «خذها بقوّة» [اعراف: 145]»